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1970年代以降、日本の楽器市場でフェンダーギターの海賊版が出回り始めた。フェンダー社はその主な製造先であった東海楽器製造に対して訴訟を起こし販売停止に追い込むなどの対抗手段が取られたが、価格の面で海賊版を完全に駆逐することができなかった。そのため、最終手段として自身も日本に製造拠点をおいて低価格なギターを販売することにし、1982年に当時の筆頭株主であった山野楽器と神田商会と共に共同出資で子会社のフェンダー・ジャパン株式会社を設立した。ホテル・グランドパレスにて設立発表も行われた。 設立後は、アイバニーズやグレコなどを製造していた富士弦楽器製造（現フジゲン）が担当することとなり廉価版シリーズをスクワイア、ワンランク上の製品をフェンダー・ジャパンとして販売開始された。
設立当初のフェンダー社の計画は、日本国内のコピー品の駆逐とスクワイア・ブランドの廉価品のアメリカ国内及び海外販売を目的としたものだった。 （当時のドル高と上昇した労働賃金、老朽化した生産設備では価格面での対抗は敵わず、将来のユーザーを呼び込むためのスチューデントモデルの充実を図る必要があり、当時の日本の技術、労働賃金では十分に可能だった。） しかし、1985年にCBSがフェンダー社を売却し、当時社長であったビル・シュルツが経営権を買収したが工場は含まれなかった為製造拠点を失っている。 その為、新工場が設立されるまでの間、日本のフジゲンが製造した製品がフェンダー製品として世界中で販売された。
その後フェンダー社が安定軌道にのり、日本の先進国化による人件費増大と円高もありスクワイアブランドは韓国のサミックやコルトなどに移され、1997年にはフェンダー・ジャパンもスクワイアへと統合され幕を閉じられた。
神田商会ブランド時代(1997年～現在)
フェンダー・ジャパンが解散後、代理店の神田商会が新たなビジネスとして1997年中にフェンダーからコピーライセンスの使用許諾を得て、ダイナ楽器や東海楽器による製造のプライベートブランドのフェンダージャパンを立ち上げた。現在はダイナ楽器が主に製造を行っている。両者を見分けるポイントはシリアルナンバーでフジゲン製造のものは「MADE IN JAPAN」、ダイナ楽器および東海楽器製造は「CRAFTED IN JAPAN」と記載されていたが、「MADE IN JAPAN」表示のものも流通しており実態は不明な部分が多い。アメリカの本家フェンダーには存在しないオリジナルモデルやマーカス・ミラー、リッチー・コッツェン、イングヴェイ・マルムスティーンなどのアーティストモデル、ムスタング、スティールギター等のマニアックな復刻モデルの発売など、日本独自やニッチな市場にも向けた商品展開が特徴のひとつである。