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フェンダー・カスタム・ショップはカリフォルニア州のコロナ工場の一角に構え、顧客からギター/ベースのカスタムオーダーを受注し製作する部署である。 Leo Fenderが去った後、楽器制作に精通したスタッフが乏しく技術力が低下していたため、1987年にフジゲンから杉本眞(現Sugi Guitars)ら技術指導チームを招き、ハイエンドを製造する前身の部署が設立された。またスタッフも外部からJohn Suhr、John Page、Larry L. Brooks、Michael Stevensら著名なビルダーを招き徐々に名声を広げていき、現在の形へとなった。あえて古い製法を復活させたり、レギュラーラインには使用されない銘木を使用したギター、長年の使用によって付いた傷や汚れ、錆などを再現し、使い込まれたような加工（エイジング加工）する新たな技術を投入するなど、特別仕様となる。有名ギタリスト本人が使用しているアーティストモデル、及びユーザーから発注を受けた特注品、楽器ショーなどに展示されるワンオフ生産のギターはカスタムショップで製作されている。近年では、プロのアーティストが使用していたギターの傷や特徴などを細かく精査し、細密に再現した「トリビュートシリーズ」などがある。 マスタービルダーが手がける製品にはそれぞれのビルダーならではの嗜好や個性が反映された物が多い。昇進や異動等で製造職から離れたビルダーや、退社後に独立して自身のブランドを立ち上げるビルダーも数多く存在する。

役職としては以下の通り
ディレクター マーケティングなど経営面でのカスタムショップの最高責任者。 マイク・エルドレッド
シニアマスタービルダー 制作面においてのカスタムショップの総責任者。フェンダーのギター職人として最高位にある役職で自由に楽器を製造することができる。 ユーリ・シスコフ、トッド・クラウス、ステファン・スターン
マスタービルダー 主にチームビルドの指揮やカスタムショップ製品の品質管理など実質面を担う役職。この役職から顧客からの指名を受けることができる。 ジョン・クルーズ、デニス・ガルスカ、グレッグ・フェスラー、ジェイソン・スミス、ポール・ウォーラ、デイル・ウィルソン
ビルダー カスタムコレクションやチームビルドなど実際に楽器を製造する役職。顧客からの指名は受けることができない。

製品を大別すると以下の3種類
チームビルト オーダーシートに記載されるオプションから様々な仕様を選択してオーダーできる受注生産品。カスタムショップ内で分担作業で製作されている。
マスタービルト 高級杢目やフロイドローズなどの特殊な仕様のオーダーであったり、追加料金を払うことでマスタービルダーを指名する事が出来る特注ライン。マスタービルダー以上の役職によって制作される。
カスタムコレクション カタログに掲載されるカスタムショップ発の量産ライン。アーティストシグニチャーなどもこのラインである。
マスタービルト(ショーモデル) マスタービルダーが1人で設計から製作までするスペシャルモデル。材の選定などの優先権を与えられ、フェンダー製品の中でもっとも高価なラインナップ。この他マスタービルダー同士が協力して限定生産を行う製品(Namm Showモデルなど)も存在する。